In un comune si è proceduto al trasferimento dal fondo al bilancio delle risorse decentrate stabili afferenti il finanziamento delle posizioni organizzative.

L'art. 7, comma 4, lett. u), riserva alla contrattazione l'incremento delle risorse destinate alla corresponsione della retribuzione di posizione e di risultato delle posizioni organizzative, "ove implicante, ai fini dell'osservanza dei limiti previsti dall'art. 23, comma 2 del d.lgs. n. 75/2017", una riduzione delle risorse del fondo per la contrattazione integrativa di cui all'art. 67 del CCNL.

Volendo incrementare ulteriormente il budget per le posizioni organizzative, si deve procedere con un ulteriore taglio al fondo nella sua parte fissa o in quella variabile?

A mio parere, si parla di contrattazione perché viene decurtato il fondo nella parte fissa (le P.O. sono sempre state remunerate con risorse fisse).
Se invece bastasse ridurre le somme da destinare alla componente variabile del fondo, la contrattazione non avrebbe modo di esistere, in quanto la costituzione del fondo non è oggetto di contrattazione né tanto meno di confronto.