Dunque sul comando (e sugli altri istituti analoghi) mi confermi la mia interpretazione del quadro normativo vigente. E che molti degli enti a cui mi sono rivolto mi hanno messo per iscritto delle sciocchezze (per usare un eufemismo).
Grazie per avermi segnalato il pronunciamento della Corte dei conti, che non conoscevo.

Per quanto concerne l'indennità di comparto, quando ero in comando presso un EPNE la mia amministrazione di appartenenza, che è una regione, ha continuato a erogarmela. Quando sono passato, senza soluzione di continuità, al comando presso un ente locale, hanno continuato a erogarmela ma mi hanno riaddebitato quella che mi avevano erogato quando ero presso l'EPNE. Quando ho chiesto spiegazioni mi è stato risposto che il motivo è che l'ente locale, a differenza dell'EPNE, gliela rimborsa. Però sull'accordo tra la Regione e l'EPNE era scritto (cito testualmente): «l'Ente rimborserà alla Regione il solo stipendio tabellare; ogni altra spettanza derivante dal rapporto giuridico tra il dott. Mosca e la Regione si intenderà a esclusivo carico di quest'ultima». Siccome mi sono accorto che la Regione ha provveduto al recupero dell'indennità di comparto quando l'EPNE le ha comunicato i corrispettivi da esso erogatimi all'inizio dell'anno in relazione all'anno precedente, ho pensato che sussista il divieto di cumulo tra l'indennità di comparto e l'indennità di ente, ma non ho trovato niente del genere né nella normativa né nella giurisprudenza.

Infine, l'intesa tra le due amministrazioni può avvenire a mio avviso anche con riferimento al singolo comando, come in effetti è avvenuto laddove sono stato comandato io. Invece alcuni enti dichiarano che debba sussistere a monte un protocollo di intesa, generale e astratto, per l'utilizzazione di personale organico a un'amministrazione diversa dalla propria, sulla base del quale poter poi attivare i singoli comandi.