Cara collega, va detto preliminarmente che quella dei diritti di rogito appannaggio del vicesegretario è stata da sempre una vexata quaestio, anche in termini di attribuibilità sotto il profilo giuridico degli stessi ad esso.
Non ci aiutano di certo le recenti pronunce giurisprudenziali (rif. Corte dei conti Sardegna - parere n.3 del 04/02/08 - su Italia Oggi del 08/02/08 pag.19) non sempre chiare ed univoche.
Quello che posso dirti è come opero io e come consilglierei di operare per preservare tutte le necessarie cautele in termini di resp.tà contabile.
Io ritengo che, una volta superato il limite del terzo riferito al segretario, non sia più possibile erogare alcunchè al vicesegretario, anche se roga contratti ulteriori, per cui le somme eccedenti rimangono acquisite all'ente (al netto del 10% da versare comunque all'Agenzia).
Il limite del terzo del segretario è per me un tetto massimo invalicabile e i due "terzi" (quello del sostituto e quello del sostituito) non si devono cumulare mai fra loro, per evitare che vengano spese somme eccedenti i limiti di legge, generando così danno erariale.
Inoltre, l'idea di accantonare somme su base periodica per tenere disponibili risorse da erogare al vicesegr. alla bisogna, mi sembra un po' artificiosa ed arzigogolata, per cui sarebbe difficilmente giustificabile alla luce della normativa vigente, anche perchè il viceseg. svolge funzioni non sue e di mera sostituzione del s.g. in tali fattispecie.
Un'ulteriore cautela che utilizzerei (ed utilizzo per il mio ente), soprattutto alla luce e dopo la pronuncia CDC di cui sopra, è il rispetto anche del limite del terzo del vicesegretario (che dovrebbe essere minore di quello del s.g.) per le erogazioni complessive che vengono fatte ad esso nel corso dell'anno, in ipotesi, peraltro non so quanto ricorrenti, che il sostituto roghi tanti contratti da assorbire questo plafond; nel senso che per il s.g. vale il suo limite; per il viceseg. vale principalmente il limite del s.g., tenendo conto però anche del suo limite; cioè, ad esempio:
limite 1/3 s.g.: € 20.000
limite 1/3 vicesegr.: € 15.000
rogiti s.g. annuali: € 3.000
rogiti viceseg. annuali: € 25.000
spettanza massima annuale s.g.: € 3.000
settanza massima annualeviceseg.: € 15.000 (e non € 17.000)

Spero di non essere stato troppo confusionario!?
Saluti