Un contribuente usufruttuario di 3 unità immobiliari abitative la cui proprietà è dei 2 figli è tenuto al pagamento dell'imposta ICI e/o IMU per tutte anche se 2 delle 3 unità sono godute direttamente dai figli?

E' evidente che il diritto di usufrutto viene esercitato solo sull'U.I. direttamente abitata e nella quale vi è la residenza anagrafica, mentre per le altre due, residenze anagrafiche e di fatto godute dai figli, tale diritto non viene esercitato.

La normativa sembrerebbe chiara (art. 3 del D.Lgs. 504/92) nel qualificare come soggetto passivo il titolare del diritto di usufrutto in luogo del proprietario, ma se tale diritto non viene di fatto goduto?

Se il diritto di fatto non viene esercitato non ha nessuna importanza. Il dititto reale di usufrutto resta ed ai fini fiscali (ICI ed IMU) deve essere tenuto in considerazione. Altrimenti l'usufruttuario deve rinunciare nelle forme di legge a tale diritto.
Il caso esposto, simile a tanti altri evidentemente, deve ricollegarsi all'usanza fortemente radicata specie nel passato di intestare le case ai figli per eludere poi gli oneri di successione.